CHRONECT Workstation Proteomics

Automatisierte Probenaufarbeitung im Proteomics-Labor zur Optimierung des Durchsatzes und zur Vermeidung von Handling-Fehlern.


Die massenspektrometrische Identifikation und Quantifizierung von Proteinen erfordert eine vorherige Spaltung der Proteine in Peptide. Diese Spaltung wird als Proteinverdau bezeichnet. Sie erfolgt unter Zuhilfenahme von Enzymen, wie z.B. der Protease Trypsin oder Endopeptidase Lys-C.

Die Analyse von Proteinen mittels massenspektrometrischer Methoden kann entweder mit Proteinen in Lösung erfolgen oder mit Proteinen, die auf einer SDS-Gelelektrophorese getrennt wurden. Die Probenvorbereitung besteht dabei aus mehreren Schritten. Nach Denaturierung und Waschen der Probe ist der erste Schritt die Reduktion und anschließende Alkylierung der Sulfhydrylgruppen der Proteine. Dazu werden die Reagenzien TCEP und CAA verwendet. Darauf folgt der eigentliche enzymatische Verdau und die anschließende Extraktion der neu entstandenen Peptide, die dann massenspektrometrisch analysiert werden können.

Für die Erzeugung von robusten proteomischen Daten ist ein reproduzierbarer Ablauf der Proteinspaltung notwendig. Hier ist der Einsatz von automatisierten Probenvorbereitungsrobotern äußerst sinnvoll.

Das Max-Dellbrück-Centrum für molekulare Medizin in der Helmholtz-Gemeinschaft hat zusammen mit Axel Semrau® eine standardisierte Methode zum automatisierten Proteinverdau entwickelt. Die Methode wird auf einem PAL RTC Probenroboter umgesetzt. Die Steuerung des Systems erfolgt über die Softwareplattform CHRONOS. Diese von Axel Semrau® entwickelte Software erlaubt einen zeitoptimierte Ausnutzung des Robotersystems und ermöglicht somit einen hohen Probendurchsatz.

Ablauf der Automatisierung:

Proteinverdau in der Lösung (In-Solution Digest)

  • Proteinprobe in Puffer vorlegen
  • TCEP hinzufügen um Reduktion durchzuführen / 30 min
  • Alkylieren mit CAA / 20 min
  • LysC hinzufügen und erster Verdau / 3 h
  • Probe mit Puffer verdünnen
  • Trypsin hinzufügen und zweiter Verdau / 10 h
  • Verdau beenden durch TFA


Um den Verdau der Proteine direkt im Elektrophoresegel durchzuführen, beinhaltet die CHRONECT Workstation Proteomics ein spezielles Tray mit Anschluss an eine Vakuumpumpe.

Proteinverdau im Elektrophoresegel (In-Gel Digest)

  • Gelabschnitt in Tray mit Vakuumstation vorlegen
  • Gel intensiv waschen
  • TCEP hinzufügen um Reduktion durchzuführen / 30 min
  • Alkylieren mit CAA / 20 min
  • Trypsin hinzufügen und Verdau / 10 h
  • Verdau beenden durch TFA

 

Vorteile der CHRONECT Workstation Proteomics

  • Hoher Probendurchsatz
  • Hoher Automatisierungsgrad
  • Flexibel, leicht anpassbar
  • Basierend auf den Erfahrungen eines großen Proteomics Forschungszentrum
  • Ideal für Laboratorien mit mittelgroßem Probendurchsatz
  • Keine Kontaminationsgefahr
  • Exzellente Reproduzierbarkeit
  • Investitionssicherheit



Die CHRONECT Workstation Proteomics ist eine Entwicklung vom Max-Delbrück-Centrum für molekulare Medizin und Axel Semrau®

Aufbau der CHRONECT Workstation Proteomics